A estrutura orgânica tem em consideração o mapa de pessoal, bem como as necessidades presentes da CIM-BSE em matéria de recursos e organização interna para fazer face às suas responsabilidades.

Em dezembro de 2020 a CIM-BSE procedeu à 2ª alteração ao regulamento interno de serviços, devido às exigências colocadas pelo acréscimo de competências da Administração Central para as Comunidades Intermunicipais, nomeadamente nas áreas dos Transportes, da proteção Civil, do Turismo e da Educação, entre outras. Foi ajustada e reorganizada a sua estrutura organizacional e funcional dos serviços internos, às novas exigências e responsabilidades atuais, nomeadamente, na definição de novas áreas de intervenção e da constituição de chefias direção intermédia de 3º. Grau.